Notre étude est suivie une analyse de la qualité des eaux brute et traité dans l’essai expérimental. Les résultats des principaux paramètres ont révélé des valeurs qui répondent aux exigences des normes de l'OMS et algérienne en matière de phytoépuration. Les analyses bactériologiques confirment une efficacité du système dans l’abattement des coliformes totaux et coliformes fécaux. Les résultats que nous avons obtenus montrent clairement l'efficacité d'un tel système pour le traitement des eaux usées. L'abattement de la pollution atteint: l’élimination de 96.66% de la DCO; 95.83% de la DBO5; 91.66% de l’azote total, 84.62% du phosphore total ; 90.87% des Coliformes totaux et 96.31% des Coliformes thermo tolérants. Les résultats obtenus montrent que la qualité de l’eau après traitement est nettement supérieure à celle prélevé l'entré des bassins. Les eaux ainsi traitée pourront répondre partiellement aux besoins des cultures et permettre en conséquence l'économie des engrais minéraux. Le traitement des eaux usées par phytoépuration est économique, l’entretien est réduit par rapport à des « stations d’épuration classiques », et l’installation est économie en énergie. Nous recommandons que cette expérience soit élargie pour le traitement des eaux usées à SCANTOGO.