Le bassin à filtres vertical est rempli de couches de graviers de granulométries différentes superposées (gravier-gravillon-sable), dans laquelle sont plantés les macrophytes (Typha latifolia et Phragmites mauritianus et Canna indica).
Les effluents issus du prétraitement sont donc déversés en surface du filtre et percolent gravitairement au travers du substrat. Il s'écoule en son sein en subissant un traitement physique (filtration), chimique (adsorption, complexation...) et biologique (biomasse fixée sur support. Une grande partie des matières solides en suspension (MES) est retenue en surface du filtre par la filtration mécanique du substrat. Les matières organiques sont dégradées et minéralisées par les microorganismes. Une partie de substances solubles et nutriments sont assimilées par les plantes pour constituer de la biomasse. La présence de plantes renforce la filtration mécanique du substrat via un système racinaire dense, et stimule les activités de biodégradation.